Rodrigo Gutiérrez

Fono oficina: (56-2) 354-2663
Laboratorio: (56-2) 3541926
Ubicación oficina: Edificio Nuevo de Ciencias Biológicas 7º piso.

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Profesor Asociado

Laboratorio Biologia de Sistemas Vegetales

Departamento de Genética Molecular y Microbiología,

Facultad de Ciencias Biológicas,

Pontificia Universidad Católica de Chile

Alameda 340, Santiago, Chile

Estudios

Bioquímico, Facultad de Ciencias Biológicas, Pontificia Universidad Católica de Chile (1993)

Magíster en Bioquímica, Facultad de Ciencias Biologicas, Pontificia Universidad Católica de Chile (1997)

Doctor en Bioquímica y Biología Molecular. Department of Energy Plant Research Laboratory. Michigan State University. (2003)

Postdoctorado en Biología de Sistemas. Dept. of Biology, New York University (2006)

Especializacion: Genómica, Bioinformática y Genética Molecular.

Premios y Distinciones

II Concurso de Propiedad intelectual otorgado por la Pontificia Universidad Católica de Chile (2010).
Premio al Científico Joven más destacado, otorgado por la sociedad de Biologia de Chile y Grupo BIOS. (2009)
Matrícula de Honor. Mejor estudiante de la carrera de Bioquímica. Pontificia Universidad Católica de Chile (1991 – 1993).

Cursos

Postgrado

BIO4430

Tópicos en Genética Molecular y Microbiología

Pregrado

BIO325C

Biología de Sistemas

Líneas de Investigación

El objetivo de nuestro trabajo es entender como la señalización por nitrógeno, un nutriente fundamental para las plantas, interactúa con señales hormonales para controlar el crecimiento y desarrollo vegetal. Este conocimiento es esencial para mejorar la eficiencia de utilización de nitrógeno en las plantas, el contenido de aminoácidos en las semillas y otras características importantes en términos agrícolas, de nutrición y salud humana. Para responder esta pregunta utilizamos un enfoque novedoso de Biología de Sistemas que se basa en la iteración de las siguientes aproximaciones experimentales: 1) genómica funcional para caracterizar sitemáticamente los estados del sistema a nivel global; 2) integración de datos genómicos para la generación de modelos espacio temporales de redes regulatorias; 3) genética molecular para entender los mecanismos moleculares y la función de genes específicos en la respuesta a cambios en la disponibilidad de nitrógeno en plantas. La combinación de enfoques informáticos que integran información diversa, con experimentación en genética molecular y genómica funcional es efectiva para entender mecanismos regulatorios.

Nuestra investigación tiene importancia básica y aplicada. Entender cómo las plantas responden a los nutrientes y cómo esta regulación es integrada con otros procesos fisiológicos de la planta es esencial para diseñar estrategias con el fin de mejorar características de importancia agrícola.

Impacto de nuestra investigación

Nuestra investigación generará conocimiento sobre los mecanismos moleculares de percepción y respuesta a nitrógeno en plantas. Entender estos procesos tiene importancia desde el punto de vista ambiental, dado que el exceso de fertilizantes provoca problemas de contaminación. Por otro lado, la disponibilidad de nitrógeno puede ser un factor limitante en la productividad agrícola. La identificación de los factores involucrados en la regulación de la respuesta a nitrógeno podría dar pie a su manipulación para optimizar la asimilación y utilización del nitrógeno in vivo. La optimización del uso del nitrógeno en plantas tiene evidentes beneficios económicos y serviría para reducir la gran cantidad de fertilizantes utilizados en la agricultura. Otras posibles aplicaciones podrían ser el diseño de estrategias para mejorar la calidad nutricional de las semillas, un tema importante para la agricultura y salud humana. Nuestro trabajo utiliza un enfoque novedoso basado en la combinación e iteración de estrategias experimentales (genética molecular, genómica) e informáticas (integración y minería de datos y análisis de redes) para generar y poner a prueba hipótesis sobre cómo el nitrógeno regula diversos procesos celulares. No obstante nuestro interés se concentra en las plantas, con Arabidopsis como organismo modelo, las herramientas informáticas que se generen son genéricas y aplicables a cualquier organismo cuyo genoma esté secuenciado.

http://virtualplant.bio.puc.cl/

POST-TRANSCRIPTIONAL NITROGEN REGULATORY NETWORKS IN THE CONTROL OF FLORAL DEVELOPMENT

Año: 2010
Institución: Conicyt
Concurso: Postdoctorado - 2010 - 3100069
Investigador Principal: Diana Ester Gras
Otro Investigador: Rodrigo Antonio Gutierrez Ilabaca
Otra Universidad o Institución: Pontificia Universidad Católica de Chile / Facultad De Ciencias Biologicas / Departamento De Genetica Molecular Y Microbiologia

BIOSINTESIS DE SAXITOXINA Y CILINDROSPERMOPSINA EN LA CIANOBACTERIA CYLINDROSPERMOPSIS RACIBORSKII: IDENTIFICACION DE LOS GENES PARTICIPANTES Y SU REGULACION

Año: 2008
Institución: Conicyt
Concurso: FONDECYT REGULAR - 2008 - 1080075
Investigador Principal: Luz Monica Vasquez Perez
Otro Investigador: Luz Monica Vasquez Perez ; Rodrigo Antonio Gutierrez Ilabaca
Otra Universidad o Institución: Pontificia Universidad Católica de Chile / Facultad De Ciencias Biologicas / Departamento De Genetica Molecular Y Microbiologia / Laboratorio de Microbiologia ; Pontificia Universidad Católica de Chile / Facultad De Ciencias Biologicas / Departamento De Genetica Molecular Y Microbiologia / Laboratorio De Bioquimica

Genómica funcional en vides viníferas y de mesa

Año: 2008
Institución: CORFO
Concurso: GENOMA CHILE II-CORFO
Investigador Principal:
Otro Investigador: Rodrigo Antonio Gutierrez Ilabaca
Otra Universidad o Institución:

"VEGETALISTA: LA GENESIS DESPUES DE LOS GENES" APRECIACION DE LAS PLANTAS Y DE SUS APLICACIONES BIOTECNOLOGICAS

Año: 2007
Institución: Conicyt
Concurso: XII CONCURSO NACIONAL DE PROYECTOS DE VALORACION Y DIVULGACION DE LA CIENCIA Y LA TECNOLOGIA - 2007 - ED12/030
Investigador Principal: Rodrigo Antonio Gutierrez Ilabaca
Otro Investigador: Rodrigo Antonio Gutierrez Ilabaca ; Jose Miguel Tagle Alcayaga
Otra Universidad o Institución: Pontificia Universidad Católica de Chile / Facultad De Ciencias Biologicas / Departamento De Genetica Molecular Y Microbiologia

Núcleo Milenio de genómica Funcional de plantas

Año: 2007
Institución: MIDEPLAN
Concurso: Núcleo Milenio
Investigador Principal: Rodrigo Antonio Gutierrez Ilabaca
Otro Investigador:
Otra Universidad o Institución:

Consorcio de la fruta: Sub proyecto Virus vid de mesa

Año: 2007
Institución: FIA
Concurso:
Investigador Principal:
Otro Investigador:
Otra Universidad o Institución:

BIOLOGIA DE SISTEMAS Y GENOMICA FUNCIONAL PARA ENTENDER LOS MECANISMO MOLECULARES DE LA RESPUESTA A NITROGENO EN ARABIDOPSIS.

Año: 2006
Institución: Conicyt
Concurso: FONDECYT-REGULAR - 2006 - 1060457
Investigador Principal: Rodrigo Antonio Gutierrez Ilabaca
Otro Investigador: Rodrigo Antonio Gutierrez Ilabaca
Otra Universidad o Institución: Pontificia Universidad Católica de Chile / Facultad De Ciencias Biologicas / Departamento De Genetica Molecular Y Microbiologia

1 - A framework integrating plant growth with hormones and nutrients
Autor(es): Krouk G, Ruffel S, Gutierrez RA, Gojon A, Crawford NM, Coruzzi GM & Lacombe B
Año: 2011. 16, 178-182.
Trends of Plant Science
2 - A holistic view of nitrogen acquisition in plants
Autor(es): Kraiser T, Gras DE, Gutierrez AG, Gonzalez B & Gutierrez RA
Año: 2011. 62(4): p. 1455-1466.
Journal of Experimental Botany
3 - Nitrate-responsive miR393/AFB3 regulatory module controls root system architecture in Arabidopsis thaliana
Autor(es): Vidal EA, Araus V, Lu C, Parry G, Green PJ, Coruzzi GM & Gutierrez RA
Año: 2010. 107(9): p. 4477-4482.
PNAS - Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
4 - VirtualPlant: a software platform to support systems biology research
Autor(es): Katari MS, Nowicki SD, Aceituno FF, Nero D, Kelfer J, Thompson LP , Cabello JM, Davidson RS, Goldberg AP, Shasha DE , Coruzzi GM & Gutierrez RA
Año: 2010. 152(2): p. 500-515.
Plant Physiology
5 - A composite transcriptional signature differentiates responses towards closely related herbicides in Arabidopsis thaliana and Brassica napus
Autor(es): Das M, Reichman JR , Haberer G, Welzl G, Aceituno FF, Mader MT, Watrud LS, Pfleeger TG , Gutierrez RA, Schaffner AR & Olszyk DM
Año: 2010. 72(4-5): p. 545-556.
Plant Molecular Bioloy
6 - An international bioinformatics infrastructure to underpine the Arabidopsis community
Autor(es): McClung CR and Gutierrez RA
Año: 2010. 22, 2530-2536.
Plant Cell
7 - Network news: prime time for systems biology of the plant circadian clock
Autor(es): Mcclung CR and Gutierrez RA
Año: 2010. 20(6): p. 588-598.
Current Opinion in Genetics & Development
8 - A systems approach uncovers restrictions for signal interactions regulating genome-wide responses to nutritional cues in Arabidopsis
Autor(es): Krouk G, Tranchina D, Lejay L, Cruikshank AA, Shasha D, Coruzzi GM & Gutierrez RA
Año: 2009. 5(3): p. -.
PLOS Comput Biol
9 - Cell-specific nitrogen responses mediate developmental plasticity
Autor(es): Gifford ML, Dean A, Gutierrez RA, Coruzzi GM & Birnbaum KD
Año: 2008. 105, 803-808.
PNAS - Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
10 - System approach identifies an organiz nitrogen-responsive gene network that regulated by the master clock control gene CCA1
Autor(es): Gutierrez RA, Stokes TL, Xu X, Obertello M, Katari MS, Tanurdzic M, Dean A, Nero DC, McClung CR & Coruzzi GM
Año: 2008. 105, 4939-4944.
PNAS - Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America

11 - 2020 vision for biology: the role of plants in addressing grand challenges in biology
Autor(es): Bender J, Benfey P, Bergmann D, Borevitz J, Coruzzi G, Dangl J, Dean C, Ecker J, Estelle M, Glazebrook J, Grant S, Guerinot ML, Gutierrez RA, Long J, Nordborg M, Poethig S, Raikhel N, Schmitt J, Schnittger A & Vidal M
Año: 2008 1, 561fe-563.
Molecular Plant
12 - Crops in all shapes and sizes
Autor(es): Holuigue L, Vielle-Calzada JP & Gutierrez RA
Año: 2008. 9.
Genome Biology
13 - A systems view of nitrogen nutrient and metabolite responses in Arabidopsis
Autor(es): Vidal EA and Gutierrez RA
Año: 2008. 11, 521-529.
Current Opinion in Plant Biology
14 - An integrated genetic, genomic and systems approach defines gene networks regulated by the interactionn of light and carbon signaling pathways in Arabidopsis
Autor(es): Thum KE, Shin MJ, Gutierrez RA, Mukherjee I, Katari MS, Nero D, Shasha D & Coruzzi GM
Año: 2008
BMC Stuct Biol
15 - The rules of gene expression in plants: organ identity and gene body methylation are key factors for regulation of gene expression in Arabidopsis thaliana
Autor(es): Aceituno FF, Moseyko N, Rhee SY & Gutierrez RA
Año: 2008
BMC Genomics
16 - GraphClust: a method for clustering database of graphs
Autor(es): Reforgiato D, Gutierrez RA & Shasha D
Año: 2008
Journal of Information & Knowledge Management.
17 - Sungear: Interactive visualization and functional analysis of genomic datasets
Autor(es): Poultney CS, Gutierrez RA, Katari M, Gifford ML, Paley WB & Coruzzi GM
Año: 2007. 23, 259-261.
Bioinformatics
18 - Qualitative network models and genome-wide expression data define carbon/nitrogen-responsive molecular machines in Arabidopsis
Autor(es): Gutierrez RA, Lejay L, Chiaromonte F, Shasha DE & Coruzzi GM
Año: 2007. 8, R7.
Genome Biology
19 - Insights into the genomic nitrate response using genetics and the Sungear software system
Autor(es): Gutierrez RA, Gifford ML, Poultney C, Wang R, Shasha DE, Coruzzi GM & Crawford NM
Año: 2007. 58, 2359-2367
Bioinformatics
20 - Arabidopsis TCP20 links regulation of growth and cell division control pathways
Autor(es): Li C, Potuschak T, Colon-Carmona A, Gutierrez RA & Doerner P
Año: 2005. 102: 12978-12983.
PNAS - Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America

21 - Systems biology for the virtual plant
Autor(es): Gutierrez RA, Shasha DE & Coruzzi GM
Año: 2005. 138: 550-554.
Plant Physiology
22 - Circadian control of messenger RNA stability. Association with a sequence-specific messenger RNA decay pathway
Autor(es): Lidder P, Gutierrez RA, Salome PA, McClung CR & Green PJ
Año: 2005. 138: 2374-85.
Plant Physiology
23 - Genomic analysis of the nitrate response using a nitrate reductase-null mutant of Arabidopsis
Autor(es): Wang R, Tischner R, Gutierrez RA, Hoffman M, Xing X, Chen M, Coruzzi G & Crawford NM
Año: 2004. 136: 2512-22.
Plant Physiology
24 - The plant-specific database. Classification of Arabidopsis proteins based on their phylogenetic profile.
Autor(es): Gutierrez RA, Larson MD & Wilkerson C
Año: 2004. 135: 1888-92.
Plant Physiology
25 - Phylogenetic profiling of the Arabidopsis thaliana proteome: what proteins distinguish plants from other organisms?
Autor(es): Gutierrez RA, Green PJ, Keegstra K & Ohlrogge JB
Año: 2004. 5: R53.
Genome Biology
26 - Identification of unstable transcripts in Arabidopsis by cDNA microarray analysis: rapid decay is associated with a group of touch- and specific clock-controlled genes
Autor(es): Gutierrez RA, Ewing RM, Cherry JM & Green PJ
Año: 2002. 99: 11513-8.
PNAS - Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
27 - Multiple conformations of catalytic serine and histidine in acetylxylan esterase at 0.90
Autor(es): Ghosh D, Sawicki M, Lala P, Erman M, Pangborn W, Eyzaguirre J, Gutierrez R, Jornvall H & Thiel DJ
Año: 2001. 276: 11159-66.
American Journal of Biological Chemistry
28 - Current perspectives on mRNA stability in plants: multiple levels and mechanisms of control
Autor(es): Gutierrez RA, MacIntosh GC & Green PJ
Año: 1999. 4: 429-438
Trends of Plant Science
29 - Determination of a protein structure by iodination: the structure of iodinated acetylxylan esterase
Autor(es): Ghosh D, Erman M, Sawicki M, Lala P, Weeks DR, Li N, Pangborn W, Thiel DJ, Jornvall H, Gutierrez R & Eyzaguirre J
Año: 1999. 55 ( Pt 4): 779-84.
Acta Crystallographica Section D: Biological Crystallography
30 - Acetyl xylan esterase II from Penicillium purpurogenum is similar to an esterase from Trichoderma reesei but lacks a cellulose binding domain
Autor(es): Gutierrez R, Cederlund E, Hjelmqvist L, Peirano A, Herrera F, Ghosh D, Duax W, Jornvall H & Eyzaguirre J
Año: 1998. 423: 35-8.
FEBS Letters

Rodrigo Gutiérrez

Fono oficina: (56-2) 354-2663Laboratorio: (56-2) 3541926Ubicación oficina: Edificio Nuevo de Ciencias Biológicas 7º piso.

Profesor Asociado

Estudios

Premios y Distinciones

Cursos

Líneas de Investigación

POST-TRANSCRIPTIONAL NITROGEN REGULATORY NETWORKS IN THE CONTROL OF FLORAL DEVELOPMENT

BIOSINTESIS DE SAXITOXINA Y CILINDROSPERMOPSINA EN LA CIANOBACTERIA CYLINDROSPERMOPSIS RACIBORSKII: IDENTIFICACION DE LOS GENES PARTICIPANTES Y SU REGULACION

Genómica funcional en vides viníferas y de mesa

"VEGETALISTA: LA GENESIS DESPUES DE LOS GENES" APRECIACION DE LAS PLANTAS Y DE SUS APLICACIONES BIOTECNOLOGICAS

Núcleo Milenio de genómica Funcional de plantas

Consorcio de la fruta: Sub proyecto Virus vid de mesa

BIOLOGIA DE SISTEMAS Y GENOMICA FUNCIONAL PARA ENTENDER LOS MECANISMO MOLECULARES DE LA RESPUESTA A NITROGENO EN ARABIDOPSIS.

1 - A framework integrating plant growth with hormones and nutrients

2 - A holistic view of nitrogen acquisition in plants

3 - Nitrate-responsive miR393/AFB3 regulatory module controls root system architecture in Arabidopsis thaliana

4 - VirtualPlant: a software platform to support systems biology research

5 - A composite transcriptional signature differentiates responses towards closely related herbicides in Arabidopsis thaliana and Brassica napus

6 - An international bioinformatics infrastructure to underpine the Arabidopsis community

7 - Network news: prime time for systems biology of the plant circadian clock

8 - A systems approach uncovers restrictions for signal interactions regulating genome-wide responses to nutritional cues in Arabidopsis

9 - Cell-specific nitrogen responses mediate developmental plasticity

10 - System approach identifies an organiz nitrogen-responsive gene network that regulated by the master clock control gene CCA1

11 - 2020 vision for biology: the role of plants in addressing grand challenges in biology

12 - Crops in all shapes and sizes

13 - A systems view of nitrogen nutrient and metabolite responses in Arabidopsis

14 - An integrated genetic, genomic and systems approach defines gene networks regulated by the interactionn of light and carbon signaling pathways in Arabidopsis

15 - The rules of gene expression in plants: organ identity and gene body methylation are key factors for regulation of gene expression in Arabidopsis thaliana

16 - GraphClust: a method for clustering database of graphs

17 - Sungear: Interactive visualization and functional analysis of genomic datasets

18 - Qualitative network models and genome-wide expression data define carbon/nitrogen-responsive molecular machines in Arabidopsis

19 - Insights into the genomic nitrate response using genetics and the Sungear software system

20 - Arabidopsis TCP20 links regulation of growth and cell division control pathways

21 - Systems biology for the virtual plant

22 - Circadian control of messenger RNA stability. Association with a sequence-specific messenger RNA decay pathway

23 - Genomic analysis of the nitrate response using a nitrate reductase-null mutant of Arabidopsis

24 - The plant-specific database. Classification of Arabidopsis proteins based on their phylogenetic profile.

25 - Phylogenetic profiling of the Arabidopsis thaliana proteome: what proteins distinguish plants from other organisms?

26 - Identification of unstable transcripts in Arabidopsis by cDNA microarray analysis: rapid decay is associated with a group of touch- and specific clock-controlled genes

27 - Multiple conformations of catalytic serine and histidine in acetylxylan esterase at 0.90

28 - Current perspectives on mRNA stability in plants: multiple levels and mechanisms of control

29 - Determination of a protein structure by iodination: the structure of iodinated acetylxylan esterase

30 - Acetyl xylan esterase II from Penicillium purpurogenum is similar to an esterase from Trichoderma reesei but lacks a cellulose binding domain

31 - Characterization of crystals of Penicillium purpurogenum acetyl xylan esterase from high-resolution x-ray diffraction

32 - Purification and characterization of two acetyl xylan esterases from Penicillium purpurogenum

Fono oficina: (56-2) 354-2663
Laboratorio: (56-2) 3541926
Ubicación oficina: Edificio Nuevo de Ciencias Biológicas 7º piso.